Временем основания монастыря считается 1463 г., или, согласно летописи, "как пермичи крещение приняли". Этот же год указан и на старинной монастырской иконе, изображающей крещение Чердыни епископом Ионой.
С момента своего основания Чердынский монастырь имел особое стратегическое значение. В Перми Великой Чердыни пересекались основные торговые пути. Это был крупный оживленный город, укрепленный кремлем и гарнизоном. Место для монастыря было выбрано безошибочно - на крутом берегу реки Колвы. За монастырской оградой берег круто обрывался вниз, и со стороны монастыря открывался отличный обзор долины реки. Поэтому он служил форпостом Чердыни – не только духовным, но и военным. А еще – своеобразным маяком: проходящим судам издалека были видны маковки храма. Монастырь находился на окраине, и это позволяло монахам обрести нужное молитвенное уединение и вместе с тем участвовать в жизни города.
Иоанно-Богословский монастырь стал крестильной купелью для пермяков. На известной иконе, запечатлевшей сюжет крещения пермяков святителем Ионой, не случайно изображено именно здание Иоанно-Богословского храма. (фото иконы). Монастырь был самой крайней северо-восточной точкой православия. В сакральном смысле он представлял собой «духовную крепость», которая явилась хранительницей святой веры и благочестия на сибирских и уральских землях.